Pebedaan dan Persamaan Real-time PCR dengan PCR konvensional

Pebedaan Real-time PCR dengan PCR konvensional

PCR (Polimerase Chain Reaction) adalah reaksi perbanyakan DNA di dalam laboratorium. PCR saat ini sangat terkenal sejak terjadinya wabah COVID-19 karena konfirmasi positif penyakit COVID-19 harus menggunakan analisis PCR. Analisis PCR yang digunakan dalam pemeriksaan COVID-19 adalah Real Time PCR.

Real Time PCR adalah analisis PCR yang hasilnya berbentuk grafik di layar komputer. PCR konvensional adalah PCR yang hasilnya ditampilkan dalam sebuah gel, gel tersebut dinamakan dengan gel agarose. Jadi perbedaan utama dari keduanya adalah outputnya.

Berikut adalah hasil real-time PCR :

Polimerase Chain Reaction, real time PCR,

Gambar 1. Output Real-time PCR

Untuk lebih memahami hasil Real-time PCR, berikut adalah ilustrasi gambar hasil Real-time PCR :

Pebedaan dan Persamaan Real-time PCR dengan PCR konvensional, Pemeriksaan COVID-19

Gambar 2. Ilustrasi gambar Real-time PCR

Cara pembacaan hasil Real-time PCR.

Ilustrasi gambar Real-Time PCR seperti gambar 2. Terlihat output hasil Real-time PCR berupa grafik, terdapat 2 sumbu, yaitu sumbu horizontal (X) dan sumbu vertikal (Y). Sumbu horizontal (X) menunjukkan jumlah siklus PCR sedangkan sumbu vertikal (Y) menunjukkan jumlah copy DNA. Selain itu juga terdapat garis threeshold. Terdapat 2 sampel yang dicontohkan dalam gambar 2, yaitu sampel warna merah dan warna hijau.

Warna hijau merupakan contoh kontrol negatif dan warna merah merupakan contoh kontol positif. Dalam kontrol negatif, tidak terdapat template (DNA) sehingga tidak terjadi perbanyakan DNA akibatnya grafik dari kontrol negatif tampak dibawah garis threeshold. Dalam kontrol positif terdapat fragmen DNA yang dapat ditempeli primer, sehingga terjadi perbanyakan DNA, akibatnya grafik kontrol positif akan naik melewati garis threeshold dan membentuk kuva eksponensial.

Misalnya, dilakukan analisis Real Time PCR untuk mendeteksi apakah di suatu rumah sakit ada tenaga kesehatan ada yang terinfeksi COVID-19. Sampel orang yang positif terinfeksi COVID-19 akan membentuk grafik seperti pada kontrol positif diatas, yaitu kurva naik melampaui garis threeshold. Sedangkan sampel orang yang tidak terinfeksi COVID-19 akan membentuk grafik seperti pada kontrol negatif, yaitu dibawah garis threeshold.

Berikut adalah gambar hasil PCR konvensional :

Pebedaan dan Persamaan Real-time PCR dengan PCR konvensional

Gambar 3. hasil PCR di dalam gel agarose, Keterangan : M = Marker, 1 = Kontrol (-), 2-9 : Sampel, 10 : Kontrol (+)

Perbedaan lainnya adalah dalam PCR konvensional menggunakan marker DNA. Marker DNA adalah suatu larutan yang berisi fragmen-fragmen atau potongan-potongan DNA dengan ukuran tertentu. Fungsi marker DNA adalah untuk mengetahui ukuran dari DNA hasil PCR sehingga dapat diketahui apakah DNA hasil PCR sesuai dengan yang di desain atau tidak. Pada gambar 3, marker DNA disimbolkan dengan huruf M.

Baca Juga : Regulasi Ekspresi Gen pada Bakteri

Persamaan Real-time PCR dengan PCR konvensional

1. Prinsip kerja

Hal yang jelas sama antara Real-time PCR dengan PCR konvensional adalah prinsip kerjanya. Prinsip kerja Real-time PCR dengan PCR konvensional sama-sama merupakan perbanyakan DNA yang dilakukan di laboratorium. Secara umum, DNA di dalam sampel jumlahnya (copy) sedikit. Tujuan perbanyakan DNA adalah agar jumlah copy DNA menjadi banyak sehingga dapat dideteksi oleh alat.

2. Terdapat kontrol positif dan kontrol negatif

Dalam analisis Real-time PCR dengan PCR konvensional disertakan kontol positif dan kontrol negatif dengan tujuan untuk menjamin keakuratan hasil analisis tersebut. Kontrol positif berfungsi untuk memastikan reaksi berjalan sesuai prosedur. Kontrol negatif berfungsi untuk memastikan tidak terjadi kontaminasi pada reagen.

Dalam satu running PCR baik Real-time PCR maupun PCR konvensional harus disertakan kontrol positif dan kontrol negatif, seperti gambar hasil PCR di dalam gel agarose diatas. Pada gambar diatas, terdapat kontrol positif dan kontrol negatif. Begitu juga dalam Real-time PCR. Berikut adalah gambar aturan susunan penataan sampel pada Real-time PCR dalam pemeriksaan COVID-19.

Gambar 4. Prosedur susunan penataan sampel dalam pemeriksaan COVID-19 menggunakan Real-Time PCR

Penjelasan dari gambar diatas adalah :

S1 hingga S10 adalah sampel pasien yang diduga terinfeksi COVID-19. Setiap sampel diperiksa 3 kali/ulangan. NTC adalah kontrol negatif dan nCoV PC merupakan kontrol positif.

Demikian postingan tentang Perbedaan dan Persamaan Real-time PCR dan PCR konvensional